先说结论：公司不能通过离职协议免除补缴社保、公积金的法定义务，但你收到的 3 万元“公积金补偿”和 1 万元“社保补偿”存在被要求返还的现实风险；9000 元法定经济补偿通常不能仅因你追缴社保、公积金就被追回。
以下按中国大陆劳动关系的一般规则分析，最终结果会受到协议原文、所在城市政策和款项性质影响。
1. 追缴申请不会因你后来签协议自动失效
社保、公积金缴存属于用人单位的法定义务，不是公司和员工可以自由协商放弃的普通债务。
至少在公积金问题上，已有明确案例认为：即使员工签署协议放弃追缴，公司已经支付所谓“公积金补偿”，也不能免除单位依法缴存的义务。公积金中心仍然可以责令公司补缴【W3】。
所以，即使你之后签了：
- 不再投诉、追缴；
- 已由现金补偿替代社保、公积金；
- 追缴后返还补偿；
也不代表公积金中心或社保经办机构必须停止处理。尤其是你的材料在签约前已经提交，受理记录、提交日期和公司是否知情都很重要。
2. 但“补缴有效”不等于“四万元一定不用退”
这里要分开看。
9000 元经济补偿
如果这 9000 元本质上是解除劳动合同的法定经济补偿，那么公司一般不能因为你依法追缴社保、公积金就要求返还。
项目取消后解除劳动合同，可能涉及协商解除、客观情况发生重大变化或者经济性裁员，不同解除路径对应的程序和补偿并不完全一样【W4】。因此，还要核对：
- 公司解除劳动合同的具体理由；
- 你的工作年限和离职前十二个月平均工资；
- 公司有没有提前三十日书面通知；
- 是协商解除、经济性裁员，还是公司直接解除；
- 9000 元是否达到法定的
N、N+1，或者是否可能构成违法解除的2N。
如果协议把本来就该支付的法定补偿包装成“只要追缴就全部退回”，这种条款的效力存在很大问题。
30000 元公积金补偿、10000 元社保补偿
这两笔风险明显更高。
公司可能主张：
支付这四万元的目的，是补偿未缴社保、公积金造成的损失；现在公司又被行政机关责令补缴，你同时取得现金和账户补缴，构成重复受偿，因此应按协议返还。
这个主张是否成立，并没有脱离协议就能确定的统一答案，主要取决于：
- 协议是否明确约定了返还条件；
- 四万元是额外离职补偿，还是明确替代社保、公积金；
- 四万元如何计算，有没有对应具体欠缴情形；
- 协议是否属于公司强制提供的格式条款；
- 公司是否用这四万元交换你放弃法定投诉、追缴权；
- 返还范围是四万元，还是连 9000 元都要求返还；
- 补缴情形下，你是否实际获得了重复利益；
- 当地法院、仲裁机构对这种条款的具体认定。
我的判断是：
- 要求你放弃追缴，从而免除公司法定缴存义务的部分，大概率不能对抗主管机关。
- 约定追缴后返还对应的 3 万元、1 万元，存在被公司起诉主张返还的风险。
- 约定只要追缴就返还包括 9000 元在内的全部补偿，未必会被全额支持。法院可能区分法定经济补偿和额外和解款，而不是把整份协议简单地全部认定有效或无效。
公积金案例中，即使离职协议已经约定员工放弃公积金权利、公司也支付了补偿，法院仍认定缴存义务不能因此免除【W3】。但该结论主要解决的是“公司是否还要补缴”，不当然等于员工可以同时保留全部现金补偿。
3. 你在签约前已经提交追缴材料，这一点很关键
这不会自动让后面的协议无效，但会影响双方责任判断。
重点检查协议里有没有以下表述：
- “乙方确认未向任何部门投诉、举报或申请追缴”；
- “乙方不存在任何尚未披露的争议”；
- “乙方承诺撤回已经提出的投诉”；
- “如已经投诉但未告知公司，应返还全部补偿”；
- “任何追缴结果均视为重复受偿”。
如果你签署时已经申请追缴，却在协议里确认“从未申请”，公司可能据此主张你隐瞒事实或者违反协议。
反过来，如果：
- 你谈判时已经明确告诉公司；
- 公司知道你已经提交材料；
- 微信、邮件、录音里讨论过这件事；
- 协议是在公司明知的情况下签署；
那么公司以后再说你故意隐瞒，依据就会弱很多。
4. 现在建议你立即做这几件事
第一，固定追缴时间证据
保存：
- 公积金中心、社保部门的收件回执；
- 网上提交记录和截图；
- 短信、受理编号；
- 邮寄凭证；
- 材料清单；
- 与工作人员沟通的记录。
核心是证明：你在签协议之前已经提交，公司是否知道。
第二，完整保存谈判证据
包括：
- 三份协议的完整版本；
- 银行流水和付款备注；
- 公司补偿方案；
- 微信、钉钉、飞书、邮件；
- 合法取得的谈判录音；
- 公司要求拆分补偿的说明；
- 其他员工收到的统一方案。
尤其要保留能够证明“公司拆分补偿是为了阻止追缴”的内容。
第三，不要把三笔钱混在一起计算
单独列一张表：
| 款项 | 金额 | 协议名称 | 协议认定的性质 | 实际计算方式 |
|---|---|---|---|---|
| 经济补偿 | 9000 | 解除协议 | 法定补偿/额外补偿 | 是否等于 N、N+1 |
| 公积金补偿 | 30000 | 补偿协议 | 替代缴存/额外和解款 | 对应哪些月份 |
| 社保补偿 | 10000 | 补偿协议 | 替代缴存/额外和解款 | 对应哪些月份 |
如果 9000 元低于依法应得的经济补偿，还可能存在补差问题。
第四，把协议交给主管部门看
向公积金中心、社保部门如实说明：
- 申请在签约前已经提交；
- 公司后来要求签署了哪些协议；
- 是否要求撤回；
- 是否约定追缴后返还款项。
不要只口头描述，尽量提交协议复印件并要求留档。主管部门负责处理补缴问题，但一般不会替你最终裁决现金补偿是否返还；返还争议可能需要劳动仲裁或法院处理。
第五，在四万元返还风险明确前，不要处分这笔钱
公司可能发律师函或直接起诉。暂时单独留存这四万元，避免最后需要返还时陷入被动。
同时，不要自行签署新的：
- 退款确认书；
- 借款协议；
- 自愿放弃声明；
- 欠款确认书；
- 撤回投诉并承担违约金的补充协议。
5. 对你最现实的结果判断
我倾向于认为可能出现下面三种结果之一：
- 主管部门责令补缴，9000 元保留，四万元按协议或重复受偿规则部分、全部返还。
- 主管部门责令补缴，返还条款因性质、格式条款或限制法定权利等原因未被完全支持，只返还部分。
- 补缴继续进行，同时公司另行起诉返还四万元，最终由法院区分每一笔款项的性质。
最不应当默认的是：“协议无效，所以五万元全部可以保留。”
同样也不应当默认：“公司写了返还条款，所以你追缴后必须无条件退回全部五万元。”
关键不是协议标题，而是每笔钱究竟属于法定经济补偿、额外和解款，还是对未缴社保、公积金的替代性付款。
涉及约 5 万元以及长期社保、公积金权益，建议带上三份协议、解除通知、工资流水、工作年限证明和追缴回执，找当地劳动法律师做一次逐条审查。不要只咨询公司 HR，也不要只凭口头答复决定是否撤回追缴。